R - jak uczynić biplot PCA bardziej czytelnym

Question

Mam zestaw obserwacji z 23 zmiennymi.

Podczas korzystania prcomp i biplot nakreśliłbyś wyniki, które działają na kilka problemów:

1. rzeczywisty wykres zajmuje tylko połowę ramki (x < 0), ale wykres skupia się na 0, tak połowa powierzchni jest marnowana

2. dwie zmienne clearily zdominować wyniki, więc wszystkie inne strzały są zbite w grudki razem i nie mogę czytać rzeczy

ad 1. Próbowałem ustawić xlim i/lub ylim, ale najwyraźniej robię coś nie tak, ponieważ cały wątek jest zawalony, gdy wykonuję

ad 2. Czy mogę po prostu jakoś rozłożyć etykiety strzałek tak, aby że mogę je przeczytać? A może mógłbym po prostu wykreślić strzałki bez dwóch najdłuższych (rodzaj powiększenia)?

Uzupełnienie: czy to możliwe, aby mieć biplot narysować etykiety w innym kolorze niż strzałki?

Ponadto: czy problematyczne jest, jeśli osie x i y są nieproporcjonalne (wykres pokazuje interwały o różnej długości na x i y). Myślę, że to przekrzywiłoby anioły między strzałami, a tego rodzaju zmiana rozmiaru nie jest transformacją podobieństwa. Czy można wymusić biplot, aby zachować proporcje 1: 1, lub aby narysować wykres jako prostokąt, a nie kwadrat?

Answer 1

Myślę, że można użyć xlim i ylim. Zobacz także argument expand dla ?biplot. Niestety, nie przedstawił żadnych danych, więc rzućmy niektóre dane przykładowe:

a <- princomp(USArrests) 

Poniżej wyniku właśnie dzwoni biplot:

biplot(a) 

I teraz można „powiększyć "przyjrzeć się bliżej" morderstwom "i" gwałtu "przy użyciu xlim i ylim, a także użyć argumentu skalowania expand z ?biplot:

biplot(a, expand=10, xlim=c(-0.30, 0.0), ylim=c(-0.1, 0.1)) 

Proszę zwrócić uwagę na inny skalowanie na górnej i prawej osi ze względu na czynnik expand.

Czy pomaga to w uzyskaniu czytelności klaczy?

EDIT

też pytanie, czy możliwe jest, aby mieć różne kolory etykiet i strzały.biplot nie obsługuje tego, co można zrobić, aby skopiować kod stats:::biplot.default, a następnie zmienić go w zależności od potrzeb (zmiana col argument, gdy używane są plot, axis i text).

Można również użyć biplot jako ggplot. W poście here zaimplementowano prostą funkcję biplot. Można zmienić kod w następujący sposób:

PCbiplot <- function(PC, x="PC1", y="PC2", colors=c('black', 'black', 'red', 'red')) { 
    # PC being a prcomp object 
    data <- data.frame(obsnames=row.names(PC$x), PC$x) 
    plot <- ggplot(data, aes_string(x=x, y=y)) + geom_text(alpha=.4, size=3, aes(label=obsnames), color=colors[1]) 
    plot <- plot + geom_hline(aes(0), size=.2) + geom_vline(aes(0), size=.2, color=colors[2]) 
    datapc <- data.frame(varnames=rownames(PC$rotation), PC$rotation) 
    mult <- min(
     (max(data[,y]) - min(data[,y])/(max(datapc[,y])-min(datapc[,y]))), 
     (max(data[,x]) - min(data[,x])/(max(datapc[,x])-min(datapc[,x]))) 
     ) 
    datapc <- transform(datapc, 
      v1 = .7 * mult * (get(x)), 
      v2 = .7 * mult * (get(y)) 
      ) 
    plot <- plot + coord_equal() + geom_text(data=datapc, aes(x=v1, y=v2, label=varnames), size = 5, vjust=1, color=colors[3]) 
    plot <- plot + geom_segment(data=datapc, aes(x=0, y=0, xend=v1, yend=v2), arrow=arrow(length=unit(0.2,"cm")), alpha=0.75, color=colors[4]) 
    plot 
} 

Plot następująco:

fit <- prcomp(USArrests, scale=T) 
PCbiplot(fit, colors=c("black", "black", "red", "yellow")) 

Jeśli poeksperymentować trochę z tej funkcji, jestem pewien, że można dowiedzieć się, jak ustaw wartości xlim i ylim itd.