wywołanie RMarkdown w wierszu poleceń przy użyciu pliku a.R, który jest przekazywany do pliku

Question

Podsumowując, używam mojego skryptu "Graphs.R" na "input_file1.txt" w RStudio, aby utworzyć Rmd, który następnie utkam w html. Chciałbym zautomatyzować ten proces, aby uruchomić więcej plików w wierszu poleceń.

Dotychczas można uzyskać Rscript uruchomić z linii poleceń za pomocą:

Rscript Graphs.R input_file1.txt

wiem też, że mogę utworzyć plik .RMD przy użyciu:

Rscript -e rmarkdown :: render (Graphs.R)

Jednak chciałbym wykonać następujące czynności:

Rscript -e rmarkdown :: render ('Graphs.R input_file1.txt', 'output_file.Rmd')

są jakieś pomysły jak to zrobić?

Answer 1

Nie do końca wiadomo, co próbujesz zrobić. Wygląda na to, że masz plik tekstowy, który musi zostać przekonwertowany na Rmd przez skrypt R (dlaczego nie jest to po prostu Rmd?), A następnie chcesz renderować Rmd. Można to zrobić poprzez uruchomienie tych poleceń w terminalu:

Rscript Graphs.R 
Rscript -e "rmarkdown::render('output_file.Rmd')" 

Pierwsze polecenie uruchamia plik Graphs.R który przypuszczalnie generuje output_file.Rmd. Drugie polecenie uruchamia jednolinijkę, która łączy output_file.Rmd w output_file.html.

Jeśli chcesz odczytać argumenty wiersza poleceń w pliku R, spróbuj? commandArgs.

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) 

Zobacz te Stack Overflow question.