Argumenty wiersza polecenia w bashie do Rscript

Question

Mam skrypt bash, który tworzy plik csv i plik R, który tworzy wykresy z tego.

Na końcu skryptu bash nazywam Rscript Graphs.R 10

Odpowiedź dostać się następująco:

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds 
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector 
Execution halted 

Pierwszych kilka wierszy mojego Graphs.R są:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
CorrAns = args[1] 

Nie mam pojęcia, co robię źle? Rada w sieci wydaje mi się, że to powinno zadziałać. Jest bardzo ciężko, aby poczucie commandArgs

Answer 1

z następującym w args.R

print(commandArgs(TRUE)[1]) 

i następujące w args.sh

Rscript args.R 10 

Otrzymuję następujące dane wyjściowe z bash args.sh

[1] "10" 

i bez błędu. W razie potrzeby przekonwertuj na typ liczbowy, używając as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]).

Answer 2

Czytając docs, wydaje się, może być konieczne, aby usunąć TRUE z wezwaniem do commandArgs() jak nie wywołać skrypt z --args. Albo to, albo musisz zadzwonić pod numer Rscript Graphs.R --args 10.

Wykorzystanie

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

Argumenty

trailingOnly logiczne. Czy powinny być zwracane tylko argumenty o wartości po ?

Answer 3

tylko przypuszczenie, być może trzeba konwertować CorrAns z charakterem na numeryczne, od sekcji Value ?CommandArgs mówi:

Wektor znaków zawierający nazwę wykonywalnego i tym użytkownik dostarczone argumenty wiersza poleceń.

UPDATE: To może być tak proste, jak:

#!/bin/Rscript 
args <- commandArgs(TRUE) 
(CorrAns = args[1]) 
(CorrAns = as.numeric(args[1])) 

Answer 4

Rscript args.R 10 gdzie 10 to wartość liczbowa, którą chcemy przekazać do skryptu R.

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) wyświetla wartość, którą można następnie przypisać do zmiennej.