Wykres interakcji w ggplot2

Question

Próbuję utworzyć wykres interakcji z ggplot2. Moje kodu jest poniżej:

library(ggplot2) 
p <- qplot(as.factor(dose), len, data=ToothGrowth, geom = "boxplot", color = supp) + theme_bw() 
p <- p + labs(x="Dose", y="Response") 
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "point", color = "blue") 
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line", aes(group = 1)) 
p <- p + opts(axis.title.x = theme_text(size = 12, hjust = 0.54, vjust = 0)) 
p <- p + opts(axis.title.y = theme_text(size = 12, angle = 90, vjust = 0.25)) 
print(p) 

Jak mogę wykreślić dawki supp kombinacja poziom oznacza raczej niż tylko poziom dawki środków, które dostaję tutaj? Z góry dziękuje za twoją pomoc.

Answer 1

Można precalculate wartości własnej ramki danych:

toothInt <- ddply(ToothGrowth,.(dose,supp),summarise, val = mean(len)) 

ggplot(ToothGrowth, aes(x = factor(dose), y = len, colour = supp)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_point(data = toothInt, aes(y = val)) + 
    geom_line(data = toothInt, aes(y = val, group = supp)) + 
    theme_bw() 

pamiętać, że korzystanie ggplot zamiast qplot czyni konstrukcję wykres dużo wyraźniejszy w przypadku bardziej złożonych działek takie jak te (IMHO).

Answer 2

Można obliczyć swoje podsumowania przez odpowiednie grupy (supp):

p <- qplot(as.factor(dose), len, data=ToothGrowth, geom = "boxplot", color = supp) + theme_bw() 
p <- p + labs(x="Dose", y="Response") 
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "point", color = "blue", aes(group=supp)) 
p <- p + stat_summary(fun.y = mean, geom = "line", aes(group = supp)) 
p <- p + opts(axis.title.x = theme_text(size = 12, hjust = 0.54, vjust = 0)) 
p <- p + opts(axis.title.y = theme_text(size = 12, angle = 90, vjust = 0.25)) 
print(p) 

lub konwersji do ggplot składni (i łącząc w jednym wyrażenie)

ggplot(ToothGrowth, aes(as.factor(dose), len, colour=supp)) + 
    geom_boxplot() + 
    stat_summary(aes(group=supp), fun.y = mean, geom="point", colour="blue") + 
    stat_summary(aes(group=supp), fun.y = mean, geom="line") + 
    scale_x_discrete("Dose") + 
    scale_y_continuous("Response") + 
    theme_bw() + 
    opts(axis.title.x = theme_text(size = 12, hjust = 0.54, vjust = 0), 
    axis.title.y = theme_text(size = 12, angle = 90, vjust = 0.25)) 

---

EDIT:

Aby to działało z wersją 0.9.3, efektywnie staje się Joran's answer.

library("plyr") 
summ <- ddply(ToothGrowth, .(supp, dose), summarise, len = mean(len)) 

ggplot(ToothGrowth, aes(as.factor(dose), len, colour=supp)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_point(data = summ, aes(group=supp), colour="blue", 
      position = position_dodge(width=0.75)) + 
    geom_line(data = summ, aes(group=supp), 
      position = position_dodge(width=0.75)) + 
    scale_x_discrete("Dose") + 
    scale_y_continuous("Response") + 
    theme_bw() + 
    theme(axis.title.x = element_text(size = 12, hjust = 0.54, vjust = 0), 
     axis.title.y = element_text(size = 12, angle = 90, vjust = 0.25)) 

Answer 3

Jeśli uważasz, że trzeba bardziej ogólne podejście, można spróbować funkcji rxnNorm w opakowaniu HandyStuff (github.com/bryanhanson/HandyStuff). Zastrzeżenie: jestem autorem. Zastrzeżenie nr 2: opcja wykresu pudełkowego nie działa poprawnie, ale wszystkie pozostałe opcje są w porządku.

Oto przykład stosując dane ToothGrowth:

p <- rxnNorm(data = ToothGrowth, res = "len", fac1 = "dose", fac2 = "supp", freckles = TRUE, method = "iqr", fac2cols = c("red", "green")) 
print(p) 

Answer 4

znacznie łatwiejszy sposób. bez ddply. bezpośrednio z ggplot2.

ggplot(ToothGrowth, aes(x = factor(dose) , y=len , group = supp, color = supp)) + 
    geom_boxplot() + 
    geom_smooth(method = lm, se=F) + 
    xlab("dose") + 
    ylab("len")