Dodaj obraz rastrowy do pliku HDF5 za pomocą h5py

Question

Przepraszam, jeśli jest to rodzaj pytania początkujących, ale jestem całkiem nowy w Pythonie i HDF5. Używam h5py, numpy i Python 2.7. Mam dane z różnych plików, które należy zaimportować do jednego pliku HDF5. Dane z każdego pliku mają być przechowywane w innej grupie. Każda z tych grup musi zawierać 1) surowe dane z pliku jako macierz m x n oraz 2) raster obrazu wygenerowany ze znormalizowanych nieprzetworzonych danych.

Jestem w stanie wykonać część 1, i jestem w stanie znormalizować dane, ale nie jestem w stanie zapisać tych znormalizowanych danych do obrazu rastrowego, ponieważ nie wiem, jak dodać obraz rastrowy do grupy. Wygląda na to, że powinien istnieć łatwy i bezpośredni sposób, aby to zrobić, ale przeczytałem dokumentację i jej nie znalazłem. Jak zrobiłby to w h5py, a jeśli nie można tego zrobić za pomocą h5py, co powinienem zrobić, aby to osiągnąć?

Dzięki!

Answer 1

Nie ma nic szczególnego w obrazach w HDF5. Podany adres link dotyczy powiązań biblioteki wysokiego poziomu. Możesz równie łatwo korzystać z specifications obrazów w HDF5, które są tylko atrybutami.

Oto bardzo szybkie i brudne przykład:

#!/usr/bin/env python 

import numpy as np 
import h5py 

# Define a color palette 
pal = np.array([[0,  0, 168], 
       [0,  0, 252], 
       [0, 168, 252], 
       [84, 252, 252], 
       [168, 252, 168], 
       [0, 252, 168], 
       [252, 252, 84], 
       [252, 168, 0], 
       [252, 0, 0]], 
       dtype=np.uint8 
       ) 

# Generate some data/image 
x = np.linspace(0,pal.shape[0]-1) 
data,Y = np.meshgrid(x,x) 

# Create the HDF5 file 
f = h5py.File('test.h5', 'w') 

# Create the image and palette dataspaces 
dset = f.create_dataset('img', data=data) 
pset = f.create_dataset('palette', data=pal) 

# Set the image attributes 
dset.attrs['CLASS'] = 'IMAGE' 
dset.attrs['IMAGE_VERSION'] = '1.2' 
dset.attrs['IMAGE_SUBCLASS'] = 'IMAGE_INDEXED' 
dset.attrs['IMAGE_MINMAXRANGE'] = np.array([0,255], dtype=np.uint8) 
dset.attrs['PALETTE'] = pset.ref 

# Set the palette attributes 
pset.attrs['CLASS'] = 'PALETTE' 
pset.attrs['PAL_VERSION'] = '1.2' 
pset.attrs['PAL_COLORMODEL'] = 'RGB' 
pset.attrs['PAL_TYPE'] = 'STANDARD8' 

# Close the file 
f.close() 

---

uruchomić przykład, a następnie spojrzeć na obraz w HDFView:

Zauważ, że musisz aby otworzyć dane obrazu za pomocą opcji "Otwórz jako", aby zobaczyć go jako obraz, ponieważ widok tabeli jest domyślny.