Jak wykonać polecenie awk za pomocą kodu Pythona

Question

Posiadałem zestaw danych, którymi chcę się zająć. Próbowałem uruchomić kod Pythona, aby wykonać polecenie "awk" w systemie Linux. bez względu na to, jak próbuję różnych argumentów lub funkcji, to wszystko nie działało.

Są dwa różne sposoby, w które próbowałem, ale wszystkie nie działały. Nie wiem dlaczego

1)

#!/usr/bin/env python 
import subprocess as sp 
cmd = "awk, '{print $2 '\t' $4 '\t' $5 '\t' $6}', B3LYPD.txt" 
args = cmd.split(',') 
p = sp.Popen(args, stdin = sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE) 

2)

#!/usr/bin/env python 
import subprocess as sp 
cmd = "awk, '{print $2 '\t' $4 '\t' $5 '\t' $6}'" 
args = cmd.split(',') 
p = sp.Popen(args, stdin = sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE) 
c = p.communicate('B3LYPD.txt') 
print c 

Answer 1

Chociaż zgadzam się, że jest to faktycznie najlepiej zrobić w Pythonie, zamiast wywoływania awk. Jeśli naprawdę musisz to zrobić, to aktualny błąd dotyczy Twojego awk.

#!/usr/bin/env python 
import subprocess as sp 
args = ["awk", r'{OFS="\t"; print $2,$4,$5,$6}', "B3LYPD.txt"] 
p = sp.Popen(args, stdin = sp.PIPE, stdout = sp.PIPE, stderr = sp.PIPE) 
print(p.stdout.readline()) # will give you the first line of the awk output 

Edytuj: Naprawiono brakujący cytat.