Sposób odczytywania tabeli danych na R jako macierzy

Ten kod jest bezpośrednio z winiety Bioconductor do tworzenia zestawu expressionSet (http://www.bioconductor.org/packages/2.12/bioc/vignettes/Biobase/inst/doc/ExpressionSetIntroduction.pdf).Sposób odczytywania tabeli danych na R jako macierzy

> exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
       + row.names = 1, 
       + as.is=TRUE))

Czy ktoś może powiedzieć, dlaczego ten kod generuje następujący komunikat o błędzie?

Czy można zaproponować alternatywną metodę odczytu w pliku exprsFile jako macierz z nagłówkiem?

Dziękuję bardzo za poświęcony czas.

Źródło

2013-10-30 user2939281

Witam Wygląda na to, że skopiowałeś + wkleiłeś kod. Usuń te znaki '+' Podczas czytania dokumentu z kodem 'R',' + ' znaki ** ogólnie ** wskazują ciągłą linię przy wpisywaniu do konsoli. (Znaczącym wyjątkiem jest kod 'ggplot', ale to nie ma znaczenia) –

Usunięcie + znaków rozwiązało problem, dziękuję s! – user2939281

Skorygowany skrypt wygenerował "niepełny błąd linii końcowej". Inny post na tej stronie sugerował przewinięcie do ostatniej linii pliku tekstowego i naciśnij enter. Zapisanie pliku z tą modyfikacją naprawiło niekompletny błąd ostatniej linii. – user2939281

Winieta do biobazy jest (prawie na pewno) wytwarzana przy użyciu Sweave. Model > i wiodący kod +, w którym pojedyncze wyrażenia zostały podzielone na wiele linii, są artefaktem używania Sweave i sposobu wyświetlania kodu, który przetwarza. Odzwierciedla on jak terminal/konsola (sesja R) będzie wyglądał gdybyś wszedł następujące (który powinien działać)

exprs <- as.matrix(read.table(exprsFile, header=TRUE, sep = "\t", 
        row.names = 1, 
        as.is=TRUE))

knitr (który jest alternatywą dla Sweave, a obecnie jest dopuszczony do winiet, domyślnie ma te prompts zostały usunięte, więc kod jest bardziej bezpośrednio kopiowany i wklejany

Źródło

2013-10-30 22:20:40 mnel

Sposób odczytywania tabeli danych na R jako macierzy

Odpowiedz

Powiązane problemy