Czy Sweave może automatycznie generować wiele plików PDF?

Question

Analizuję pomiary z wielu miast (setki) i muszę utworzyć oddzielne raporty dla każdego miasta (w formacie Adobe pdf).

mój proces jest tak:

1. Pierwszy RStudio przygotować dane mają być wyświetlane, zapisane w X.Rda.
2. W X.Rnw (RStudio) czytam X.Rda, wybieram jedno miasto i tworzę tabele i wykresy.
3. W RStudio naciskaję przycisk "Kompiluj PDF" i generowany jest raport miejski X.pdf.
4. Przechodzę do kroku 2, wybieram inne miasto i tak dalej.

Jest to bardzo żmudne i wygląda idealnie na pętlę for na miasto, ale jak to zrobić?

Dziękuję r-contributors!

/Chris

Answer 1

Można użyć coś jak for pętli o zmiennej globalnej zmiany, które kontroluje miasto, które chcesz wpleść w raporcie; zobacz inne stanowisko Run Sweave or knitr with objects from existing R session

Kod będzie jak (załóżmy cities jest wektorem charakter i używam pakiet knitr jako przykład, ponieważ można określić nazwę pliku wyjściowego):

for (city in cities) { 
    knit('city_template.Rnw', output = paste('report_', city, '.tex', sep = '')) 
} 

Inside city_template.Rnw, masz kawałek jak

<<do-my-job>>= 
make_plot(city, ...) 
whatever(city, ...) 
@ 

Następnie otrzymasz serię plików tex nazwanych przez miasta, a reszta twojej pracy jest skompilować je do formatu PDF (nie możliwe do RStudio kompilować wiele plików tex, AFAIK, ale jest to proste, aby zrobić to w linii poleceń lub w R z texi2dvi()).

Jest jedna rzecz, którą należy zachować ostrożność - do każdego pliku wyjściowego należy użyć prefiksu innej postaci (opcja fig.path), w przeciwnym razie różne miasta mogą przesłonić swoje dane wyjściowe. W knitr, można to zrobić przez tak:

<<setup, echo=FALSE>>= 
opts_chunk$set(fig.path = paste('my-prefix-', city, sep = '')) 
@ 

Wierzę, że to powinno być bezpieczne do produkcji wielu raportów z pętli.

Przy okazji, na pewno można osiągnąć ten sam cel za pomocą Sweave; być może dowiesz się, dlaczego później rozwinąłem knitr (jest to poza tematem, więc nie będę tutaj rozbudowywał).

Answer 2

• Zrób to w R environnent.
• umieścić wszystkie wyjścia dla konkretnego miasta na liście
• Napisz swoją RNW z kawałkami tylko powołaniach wyjść
• Zapisz R obraz w tym samym folderze co raporcie Sweave i zestaw wd do tego samego folderu
• Sweave ("yourfile.RnW", output = "yourcity.tex ")
• Zastosowanie texi2dvi skompilować plik tex z R

Jeśli masz wiele miast, które należy umieścić w funkcji.