Muszę przeprowadzić analizę na zapisie PSL, który zawiera informacje o fragmentach sekwencji DNA. Zasadniczo muszę znaleźć wpisy, które pochodzą z tego samego odczytu w tym samym kontigu (są to obie wartości w pozycji PSL). Problem polega na tym, że rekordy PSL są duże (dokumenty tekstowe 10-30 Mb). Napisałem program, który działa na krótkich płytach i na długich płytach z wystarczającą ilością czasu, ale trwało to znacznie dłużej niż to zostało określone. Powiedziano mi, że program nie powinien zająć więcej niż ~ 15 sekund. Mój przejął 15 minut.Wykonywanie operacji na dużym zbiorze danych
rekordy PSL wyglądać następująco:
275 11 0 0 0 0 0 0 - M02034:35:000000000-A7UU0:1:1101:19443:1992/2 286 0 286 NODE_406138_length_13407_cov_13.425076 13465 408 694 1 286, 0, 408,
171 5 0 0 0 0 0 0 + M02034:35:000000000-A7UU0:1:1101:13497:2001/2 294 0 176 NODE_500869_length_34598_cov_30.643419 34656 34334 34510 1 176, 0, 34334,
188 14 0 10 0 0 0 0 + M02034:35:000000000-A7UU0:1:1101:18225:2002/1 257 45 257 NODE_455027_length_12018_cov_13.759444 12076 11322 11534 1 212, 45, 11322,
Mój kod wygląda następująco:
import sys
class PSLreader :
'''
Class to provide reading of a file containing psl alignments
formatted sequences:
object instantiation:
myPSLreader = PSLreader(<file name>):
object attributes:
fname: the initial file name
methods:
readPSL() : reads psl file, yielding those alignments that are within the first or last
1000 nt
readPSLpairs() : yields psl pairs that support a circular hypothesis
Author: David Bernick
Date: May 12, 2013
'''
def __init__ (self, fname=''):
'''contructor: saves attribute fname '''
self.fname = fname
def doOpen (self):
if self.fname is '':
return sys.stdin
else:
return open(self.fname)
def readPSL (self):
'''
using filename given in init, returns each filtered psl records
that contain alignments that are within the terminal 1000nt of
the target. Incomplete psl records are discarded.
If filename was not provided, stdin is used.
This method selects for alignments that could may be part of a
circle.
Illumina pairs aligned to the top strand would have read1(+) and read2(-).
For the bottoms trand, read1(-) and read2(+).
For potential circularity,
these are the conditions that can support circularity:
read1(+) near the 3' terminus
read1(-) near the 5' terminus
read2(-) near the 5' terminus
read2(+) near the 3' terminus
so...
any read(+) near the 3', or
any read(-) near the 5'
'''
nearEnd = 1000 # this constant determines "near the end"
with self.doOpen() as fileH:
for line in fileH:
pslList = line.split()
if len(pslList) < 17:
continue
tSize = int(pslList[14])
tStart = int(pslList[15])
strand = str(pslList[8])
if strand.startswith('+') and (tSize - tStart > nearEnd):
continue
elif strand.startswith('-') and (tStart > nearEnd):
continue
yield line
def readPSLpairs (self):
read1 = []
read2 = []
for psl in self.readPSL():
parsed_psl = psl.split()
strand = parsed_psl[9][-1]
if strand == '1':
read1.append(parsed_psl)
elif strand == '2':
read2.append(parsed_psl)
output = {}
for psl1 in read1:
name1 = psl1[9][:-1]
contig1 = psl1[13]
for psl2 in read2:
name2 = psl2[9][:-1]
contig2 = psl2[13]
if name1 == name2 and contig1 == contig2:
try:
output[contig1] += 1
break
except:
output[contig1] = 1
break
print(output)
PSL_obj = PSLreader('EEV14-Vf.filtered.psl')
PSL_obj.readPSLpairs()
dano mi jakiś przykład kodu, który wygląda tak:
def doSomethingPairwise (a):
for leftItem in a[1]:
for rightItem in a[2]:
if leftItem[1] is rightItem[1]:
print (a)
thisStream = [['David', 'guitar', 1], ['David', 'guitar', 2],
['John', 'violin', 1], ['John', 'oboe', 2],
['Patrick', 'theremin', 1], ['Patrick', 'lute',2] ]
thisGroup = None
thisGroupList = [ [], [], [] ]
for name, instrument, num in thisStream:
if name != thisGroup:
doSomethingPairwise(thisGroupList)
thisGroup = name
thisGroupList = [ [], [], [] ]
thisGroupList[num].append([name, instrument, num])
doSomethingPairwise(thisGroupList)
Ale kiedy Próbowałem to zaimplementować, mój program wciąż trwał długo. Czy myślę o tym w niewłaściwy sposób? Rozumiem, że zagnieżdżona pętla jest powolna, ale nie widzę alternatywy.
Edycja: Zorientowałem się, dane zostały posortowane, co sprawiło, że moje rozwiązanie z użyciem siły było bardzo niepraktyczne i niepotrzebne.