czynniki odwzorowujące na ramkę danych

Question

Mam dane próbkowania rozłożone na dwa zestawy danych. loc opisuje pozycje geograficzne, spe zawiera znalezione gatunki. Unfortunally, stacje pobierania próbek są opisane przez dwa czynniki (cruise i station), więc trzeba zbudować unikalne identyfikatory dla obu zestawów danych

>loc 
    cruise station  lon lat 
1 TY1  A1 53.8073 6.7836 
2 TY1  3 53.7757 6.7009 
3 AZ7  A1 53.7764 6.6758 

i

>spe 
    cruise station  species abundance 
1 TY1  A1 Ensis ensis  100 
2 TY1  A1 Magelona   5 
3 TY1  A1 Nemertea  17 
4 TY1  3 Magelona   8 
5 TY1  3  Ophelia  1200 
6 AZ7  A1  Ophelia  950 
7 AZ7  A1 Ensis ensis  89 
8 AZ7  A1  Spio   1 

co potrzebne jest aby dodać unikalny identyfikator ID jako taki

cruise station  species abundance  ID 
1 TY1  A1 Ensis ensis  100 STA0001 
2 TY1  A1 Magelona   5 STA0001 
3 TY1  A1 Nemertea  17 STA0001 
4 TY1  3 Magelona   8 STA0002 
5 TY1  3  Ophelia  1200 STA0002 
6 AZ7  A1  Ophelia  950 STA0003 
7 AZ7  A1 Ensis ensis  89 STA0003 
8 AZ7  A1  Spio   1 STA0003 

Oto dane

loc<-data.frame(cruise=c("TY1","TY1","AZ7"),station=c("A1",3,"A1"),lon=c(53.8073, 53.7757, 53.7764),lat=c(6.7836, 6.7009, 6.6758)) 

spe<-data.frame(cruise=c(rep("TY1",5),rep("AZ7",3)),station=c(rep("A1",3),rep(3,2),rep("A1",3)),species=c("Ensis ensis", "Magelona", "Nemertea", "Magelona", "Ophelia", "Ophelia","Ensis ensis", "Spio"),abundance=c(100,5,17,8,1200,950,89,1)) 

Potem skonstruować ID dla loc

loc$ID<-paste("STA",formatC(1:nrow(loc),width=4,format="d",flag="0"),sep="") 

ale jak mogę mapować ID do spe?

Sposób, w jaki znalazłem obejmuje dwie zagnieżdżone pętle jest dość przystojny dla programisty proceduralnego takiego jak ja (jeśli zagnieżdżone pętle można nazwać przystojnym w ogóle). Jestem tak pewna, że ​​dwuwarstwowy R będzie bardziej wydajny i szybszy, ale nie mogę tego rozgryźć. Naprawdę chcę więcej piękna w moim kodzie, to jest takie un-R.

Answer 1

Faktycznie, myślę, że jest to przypadek, w którym merge w podstawowej R prostu działa:

merge(spe, loc, all.x=TRUE) 

    cruise station  species abundance  lon lat 
1 AZ7  A1  Ophelia  950 53.7764 6.6758 
2 AZ7  A1 Ensis ensis  89 53.7764 6.6758 
3 AZ7  A1  Spio   1 53.7764 6.6758 
4 TY1  3 Magelona   8 53.7757 6.7009 
5 TY1  3  Ophelia  1200 53.7757 6.7009 
6 TY1  A1 Ensis ensis  100 53.8073 6.7836 
7 TY1  A1 Magelona   5 53.8073 6.7836 
8 TY1  A1 Nemertea  17 53.8073 6.7836 

---

Aby znaleźć unikalne identyfikatory, użyj unique():

unique(paste(loc$cruise, loc$station, sep="-")) 
[1] "TY1-A1" "TY1-3" "AZ7-A1" 

Answer 2

Można łączyć czynniki z interaction.

Jeśli nie przejmujesz się etykietami kolumny ID, rozwiązanie jest naprawdę łatwe.

loc <- within(loc, id <- interaction(cruise, station)) 
spe <- within(spe, id <- interaction(cruise, station)) 

Answer 3

Wystarczy, aby pokazać, gdzie to w konsekwencji prowadzi do (może być interesujące):

Unikalne identyfikatory ID są dodawane do loc jak już wspomniano.

loc$ID<-paste("STA", formatC(1:nrow(loc), width=4, format="d", flag="0"), sep="") 

Zgodnie z propozycją Andrie merge(spe, loc, all.x=TRUE) łączy data.frames miarę potrzeb, eliminując wszystkie elementy loc, że może nie mieć odpowiednika w spe (jeśli te powinny być zachowane korzystanie merge(spe, loc, all.x=TRUE, all.y=TRUE) zamiast.

chcę tabelę wszystkich gatunków częstości na stacji, które uzyskuje się i przekształca w ramce danych o

as.data.frame.matrix(xtabs(abundance ~ ID + species, merge(spe, loc, all.x=T))) 
     Ensis ensis Magelona Nemertea Ophelia Spio 
STA0001   100  5  17  0 0 
STA0002   0  8  0 1200 0 
STA0003   89  0  0  950 1 

Dzięki Andrie oraz Pan bawełny