Jak określić, których bibliotek macierzy używa moja instalacja R?

Question

Mam błąd macierzy podczas używania klastra komputerowego na mojej uczelni, którego nie mogę odtworzyć na komputerze lokalnym. Myślę, że może to wynikać z różnicy bibliotek macierzy (BLAS, LAPACK, ATLAS itp.). Nie wiem zbyt wiele o tych bibliotekach poza tym, co przeczytałem: here, ale myślę, że powinien istnieć sposób, aby R powiedział mi, z których bibliotek macierzy został zainstalowany (tj. Które z nich używa), analogiczny do sessionInfo(), aby mi powiedzieć, której wersji pakietów R używa.

Answer 1

Choć może nie być wyraźny funkcja R za to, być może można wykorzystać poleceń powłoki (np , file i ldd), aby uzyskać pewne wskazówki, bez konieczności odbudowy R ani korzenia dostęp na klastrze:

(rpath <- Sys.which("R")) 
#   R 
# "/usr/bin/R" 

aby upewnić się, że ldd będzie działać, zobaczyć, jaki typ pliku jest:

system2("file", rpath) 
# /usr/bin/R: Bourne-Again shell script, ASCII text executable 

Jeśli twój pokazuje rzeczywisty plik wykonywalny (taki jak ELF 64-bit LSB executable, x86-64, ...), pomiń ten krok.

script <- readLines(rpath) 
script[grepl("/bin/", script)] 
# [1] "#!/bin/bash" 
# [2] "  if [ -x \"/usr/${libnn}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [3] "  elif [ -x \"/usr/${libnn_fallback}/R/bin/exec/R\" ]; then" 
# [4] "## some systems have a more portable sed, e.g. /usr/xpg4/bin/sed on Solaris," 
# [5] "SED=/bin/sed" 
# [6] "  exec sh \"${R_HOME}/bin/Rcmd\" \"${@}\" ;;" 
# [7] "R_binary=\"${R_HOME}/bin/exec${R_ARCH}/R\"" 

Ten mówi mi, że rzeczywisty wykonywalny jest /usr/lib/R/bin/exec/R (lub /usr/lib64/...). To wymaga pewnego wnioskowania, ale jest to krok. Działa to dla mnie z R-3.3.2 na Ubuntu, więc mogę tylko założyć, że będzie podobny w różnych systemach operacyjnych. Jeśli jest to mało informatywne, możesz również grep dla "/lib" lub "/exec" (lub po prostu sprawdzić cały plik skryptu dla innych wskazówek).

Gdy wiesz ścieżkę zwaną przez skrypt (lub, jeśli nie jest to scenariusz na początek), znaleźć bibliotek współdzielonych wymaga:

system2("ldd", "/usr/lib/R/bin/exec/R") 
#   linux-vdso.so.1 => (0x00007ffcfadcd000) 
#   libR.so => /usr/lib/R/lib/libR.so (0x00007f746f615000) 
#   libpthread.so.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0 (0x00007f746f3eb000) 
#   libc.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6 (0x00007f746f025000) 
#   libblas.so.3 => /usr/lib/libblas.so.3 (0x00007f746eda8000) 
#   libm.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libm.so.6 (0x00007f746eaa2000) 
#   libreadline.so.6 => /lib/x86_64-linux-gnu/libreadline.so.6 (0x00007f746e85b000) 
#   libpcre.so.3 => /lib/x86_64-linux-gnu/libpcre.so.3 (0x00007f746e61d000) 
#   liblzma.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/liblzma.so.5 (0x00007f746e3fb000) 
#   libbz2.so.1.0 => /lib/x86_64-linux-gnu/libbz2.so.1.0 (0x00007f746e1ea000) 
#   libz.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/libz.so.1 (0x00007f746dfd1000) 
#   librt.so.1 => /lib/x86_64-linux-gnu/librt.so.1 (0x00007f746ddc9000) 
#   libdl.so.2 => /lib/x86_64-linux-gnu/libdl.so.2 (0x00007f746dbc4000) 
#   libgomp.so.1 => /usr/lib/x86_64-linux-gnu/libgomp.so.1 (0x00007f746d9b5000) 
#   /lib64/ld-linux-x86-64.so.2 (0x0000560abd5fa000) 
#   libtinfo.so.5 => /lib/x86_64-linux-gnu/libtinfo.so.5 (0x00007f746d78b000) 

Linia 5. tego wyjścia sugeruje, że R jest przy użyciu biblioteki BLAS, w szczególności libblas3.

Answer 2

jest trochę googlowania dość ?: http://www.stat.cmu.edu/~nmv/2013/07/09/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

Answer 3

O ile jestem świadomy, że nie jest specyficzna funkcja (szczególnie nie w podstawowej R), który daje wersję Blas. R najprawdopodobniej użyje standardowej biblioteki dołączonej do twojego systemu (chyba że ktoś zbudował ją ze źródła z konkretną wersją BLAS).

Trzeba to zrobić z terminalu typu

locate libblas.so 

To prawdopodobnie będzie w /usr/lib/libblas.so lub /usr/lib64/libblas.so, a lokalizacja jest prawdopodobnie dowiązaniem. Więc skorzystać z linków

ls -l /usr/lib/libblas.so 

Jeśli chcesz zmienić linki symboliczne aby wskazać inną biblioteką Blas, można zrobić update-alternatives --config libblas.so.3gf i wybrać wersję, której chcesz użyć. Ten post wyjaśnia to bardzo szczegółowo: https://www.r-bloggers.com/for-faster-r-use-openblas-instead-better-than-atlas-trivial-to-switch-to-on-ubuntu/

Innym sposobem, aby zdecydowanie wiedzieć, jakiej wersji używasz, byłoby zainstalowanie dowolnej implementacji BLAS, którą chcesz - na przykład OpenBLAS, a następnie zastąpienie standardowej biblioteki R BLAS dowiązanie symboliczne do nowej biblioteki. Upewnij się, aby zainstalować R z --with-shared-blas opcji, jak wyjaśniono tutaj: https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-release/R-admin.html#BLAS Potem wystarczy:

# navigate to your R directory 
cd …/path-to-R-installation/lib/R/lib 
# backup the original 
mv libRblas.so libRblas.backup 
# create simlink 
ln –s …/path-to-new-0blas-library/new-lib.so libRblas.so