Mam listę wektorów utworzonych przez uruchomienie:Konwertowanie ndarray generowane przez hcluster na sznurku Newick do użytku z ete2 pakietu
import hcluster
import numpy as np
from ete2 import Tree
vecs = [np.array(i) for i in document_list]
gdzie document_list jest zbiorem dokumentów internetowych mam analizujących. I następnie wykonać hierarchiczne grupowanie:
Z = hcluster.linkage(vecs, metric='cosine')
To generuje ndarray takich jak:
[[ 12. 19. 0. 1. ]
[ 15. 21. 0. 3. ]
[ 18. 22. 0. 4. ]
[ 3. 16. 0. 7. ]
[ 8. 23. 0. 6. ]
[ 5. 27. 0. 6. ]
[ 1. 28. 0. 7. ]
[ 0. 21. 0. 2. ]
[ 5. 29. 0.18350472 2. ]
[ 2. 10. 0.18350472 3. ]
[ 47. 30. 0.29289577 9. ]
[ 13. 28. 0.29289577 13. ]
[ 73. 32. 0.29289577 18. ]
[ 26. 12. 0.42264521 5. ]
[ 5. 33. 0.42264521 12. ]
[ 14. 35. 0.42264521 12. ]
[ 19. 35. 0.42264521 18. ]
[ 4. 20. 0.31174826 3. ]
[ 34. 21. 0.5 19. ]
[ 38. 29. 0.31174826 21. ]]
Czy to możliwe, aby przekształcić ten ndarray w Newick ciąg znaków, który może być przekazany do ete2 Drzewa() konstruktora tak że mogę rysować i manipulować drzewem drzewka przy użyciu narzędzi dostarczonych przez ete2?
Czy to ma sens, aby spróbować to zrobić, a jeśli nie, to jest inny sposób, w jaki mogę wygenerować drzewo/dendrogram używając tych samych danych i ete2 (zdaję sobie sprawę, że istnieją inne pakiety, które mogą narysować dendrogramy takie jak dendropy i sam hcluster, ale wolałby używać ete2 tak samo)?
Dzięki!
Ojej, trzeba pamiętać, że dist_matrix jest moja własna funkcja wygenerować macierz odległości. Zastąp go własnymi wartościami (np. Vecs). – jhc