Zgaduję, że niektóre "słowa", którymi jesteś zainteresowany, są w rzeczywistości zwrotami, w których spacje są akceptowalne. Nie można łatwo użyć znaku spacji jako ogranicznika fraz i dopuszczalnego znaku w obrębie samej frazy. Spróbuj użyć przecinka jako separatora zamiast:
string updatedLine = "user,input,two words,even three words";
string[] newInput = Regex.Split(updatedLine, @",");
Ta wersja regex pozwala spacje po przecinkami:
string updatedLine = "user, input, two words, even three words";
string[] newInput = Regex.Split(updatedLine, @",\s+|,");
Jak/gdzie chcesz zachować białe znaki? Na przykład, w jaki sposób ma się dzielić ciąg '' foo bar "? – BoltClock