R plot.gam Błąd "Błąd w 1: obiekt $ nsdf: argument o długości 0"

Question

Próbuję wykreślić obiekt gam w R, który zrobiłem z pakietem gier. Otrzymuję ten sam błąd zgłoszony w Error in 1:object$nsdf : argument of length 0 when using plot.gam. Jednak znalezione tam rozwiązanie, uaktualniające do najnowszych wersji (chyba), nie działa dla mnie. Używam R 3.3.1, gam 1.12 i mgcv 1.8.12 (mgcv jest tam, gdzie jest funkcja plot.gam).

Niestety, nie mogę udostępnić danych, z którymi pracuję. Jednak poniższy kod - wyciągnął bezpośrednio z s.294 Intro. do nauki statystycznej z R - odtwarza błąd dla mnie:

library(gam) 
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here 
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage) 
plot(gam.mod) 

Czy ktoś wie, co się tutaj dzieje lub jak to naprawić?

Dziękuję.

Answer 1

Sugestia

To może być dobry pomysł mieć tę funkcję zabawki, aby sprawdzić, czy sesja R jest OK, aby uruchomić analizę GAM.

GAM_status <- function() { 
    if (all(c("gam", "mgcv") %in% .packages())) print("Not OK") 
    else print("OK") 
    } 

---

nsdf jest liczba ścisłym stopniu swobody, to termin używany wyłącznie w mgcv. Jak wspomniałeś: mgcv to skąd pochodzi funkcja plot.gam.

Problem polega na tym, że masz gam i mgcv, dwa niekompatybilne pakiety w twojej sesji R w tym samym czasie. Pasujesz do gam.mod z gam::gam, ale następnie wykreśl model za pomocą mgcv::plot.gam.

Uwaga, to, co jest normalnie prawdziwe, używając ::, straci ważność tutaj. Zwykle, gdy dwa pakiety mają pewne funkcje zamaskowane, środkiem zaradczym jest ::. Ale dla mgcv i gam jest to całkowicie niemożliwe. Tak więc moja sugestia brzmi: jeśli używasz gam, nigdy nie dotykaj mgcv w twojej sesji R i na odwrót.

Tak, zaczynam świeżą sesję R i wykonaj następujące czynności, wszystko jest w porządku!

library(gam) 
library(ISLR) # contains the Wage dataset used here 
gam.mod <- gam(wage ~ s(year, 4) + s(age, 5) + education, data = Wage) 
par(mfrow = c(2,2)); plot(gam.mod) 

---

Dziękuję za odpowiedź. Nigdy faktycznie nie załadowałem mgcv, właśnie założyłem, że to była zależność dla gam. Rozpocząłem nową sesję R, a podany przez ciebie kod zadziałał. Okazało się, że jest to biblioteka car, która powoduje ten sam problem.

mgcv i gam nie zależą od siebie, ale ponieważ mgcv jest bardziej popularna niż gam, wiele pakietów posiada zależność od mgcv np car:

car: Companion to Applied Regression 

Functions and Datasets to Accompany J. Fox and S. Weisberg, An R Companion to 
Applied Regression, Second Edition, Sage, 2011. 
Version: 2.1-3 
Depends: R (≥ 3.2.0) 
Imports: MASS, mgcv, nnet, pbkrtest (≥ 0.4-4), quantreg, grDevices, utils, 
      stats, graphics 

Uwaga „Import” Pole , library(car) załaduje te pakiety w tym samym czasie.