2016-07-29 13 views
5

Próbuję zainstalować narzędzie graficzne dla Anaconda Python 3.5 na Ubuntu 14.04 (x64), ale okazuje się, że to prawdziwa sztuczka.Jak zainstalować narzędzie wykresów dla Anaconda Python 3.5 na Linux-64?

Próbowałem this approach, ale napotkasz problem:

The following specifications were found to be in conflict: 
    - graph-tool 
Use "conda info <package>" to see the dependencies for each package. 

przekopywania się przez zależnościami doprowadziły do ​​ślepej uliczki w gobject-introspekcji

 

Więc próbowałem innego podejścia:

Zainstalowano doładowanie za pomocą conda, a następnie próbowałem ./configure, make i make install graph-tool ... który dostał walka o ile ./configure:

=========================== 
Using python version: 3.5.2 
=========================== 
checking for boostlib >= 1.54.0... yes 
checking whether the Boost::Python library is available... yes 
checking whether boost_python is the correct library... no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... (cached) no 
checking whether boost_python-py27 is the correct library... (cached) no 
checking whether boost_python-py35 is the correct library... yes 
checking whether the Boost::IOStreams library is available... yes 
configure: error: Could not link against boost_python-py35 ! 

wiem, że to jest coś, o zmiennych środowiskowych dla polecenia ./configure i Conda instalowanej libboost do dziwnym miejscu Anaconda za, ja po prostu nie wiem, co robić, a mój Google-fu mnie zawodzi. To kolejny ślepy zaułek.

Czy ktoś, kto musiał ostatnio zainstalować narzędzie do rysowania w Linuksie-64, może mi pomóc? To świeży VM uruchomiony w VMWare Workstation 10.0.7

+1

Udało mi się uruchomić go na Ubuntu 14.04 z Anacondą 3, pisząc 'conda create -n graph -c floriangeigl -c vgauthier -c msarahan -c bioconda -c ostrokach -c salford_systems -c ptorrestr -c pkgw -c kalefranz python graph-tool' Czy możesz pokazać komendę którego użyłeś, która daje tę niezadowalającą zależność? – darthbith

+0

"conda config --add channels vgauthier --add channels rwest", po którym następuje "conda install graph-tool" – geofurb

+0

Co się stanie, jeśli wypróbujesz polecenie, w którym umieściłem mój komentarz? – darthbith

Odpowiedz

0

Dla tych, które napotkasz podobnych problemów, spróbuj najpierw zmienić kolejność kanałów Conda z:

$ Conda config --add kanałów ostrokach

$ Conda config --add kanały domyślnie

$ Conda config --add kanały Conda-kuźnia

następnie:

$ Conda zainstalować wykres narzędziem

0

Instalacja wykres-tool 2.26 dla Anaconda Pythonie 3.5, Ubuntu 14.04.

Uwaga: jak to pisałem, instalacja kanału ostrokacha narzędzia grafowego była tylko w wersji 2.18.

Oto plik dokera, którego używam do zainstalowania narzędzia graficznego 2.26. Najprawdopodobniej jest to czystszy sposób, ale jak na razie to jedyna rzecz, którą udało mi się spleść, co faktycznie działa.

UWAGA: Jeśli nie znasz plików dokowania i chcesz wykonać instalację z poziomu terminala, zignoruj ​​pierwszą linię (zaczynając od FROM), zignoruj ​​każde wystąpienie słowa RUN i co " re left with to seria poleceń do wykonania w terminalu.

FROM [your 14.04 base image] 

RUN conda upgrade -y conda 
RUN conda upgrade -y matplotlib 

RUN \ 
add-apt-repository -y ppa:ubuntu-toolchain-r/test && \ 
apt-get update -y && \ 
apt-get install -y gcc-5 g++-5 && \ 
update-alternatives --install /usr/bin/gcc gcc /usr/bin/gcc-5 60 --slave /usr/bin/g++ g++ /usr/bin/g++-5 

RUN wget https://github.com/CGAL/cgal/archive/releases/CGAL-4.10.2.tar.gz && \ 
tar xzf CGAL-4.10.2.tar.gz && \ 
cd cgal-releases-CGAL-4.10.2/ && \ 
cmake . && \ 
make && \ 
make install 

RUN cd /tmp && \ 
# note: master branch of repo appears relatively stable, has not been updated since 2016 
git clone https://github.com/sparsehash/sparsehash.git && \ 
cd sparsehash && \ 
./configure && \ 
make && \ 
make install 

RUN apt-get update 
RUN apt-get install -y build-essential g++ python-dev autotools-dev libicu-dev build-essential libbz2-dev libboost-all-dev 
RUN apt-get install -y autogen autoconf libtool shtool 

# install boost 
RUN cd /tmp && \ 
wget https://dl.bintray.com/boostorg/release/1.66.0/source/boost_1_66_0.tar.gz && \ 
tar xzvf boost_1_66_0.tar.gz && \ 
cd boost_1_66_0 && \ 
sudo ./bootstrap.sh --prefix=/usr/local && \ 
sudo ./b2 && \ 
sudo ./b2 install 

# install newer cairo 
RUN cd /tmp && \ 
wget https://cairographics.org/releases/cairo-1.14.12.tar.xz && \ 
tar xf cairo-1.14.12.tar.xz && \ 
cd cairo-1.14.12 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://download.gnome.org/sources/libsigc++/2.99/libsigc++-2.99.10.tar.xz && \ 
tar xf libsigc++-2.99.10.tar.xz && \ 
cd libsigc++-2.99.10 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install && \ 
sudo cp ./sigc++config.h /usr/local/include/sigc++-3.0/sigc++config.h 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://www.cairographics.org/releases/cairomm-1.15.5.tar.gz && \ 
tar xf cairomm-1.15.5.tar.gz && \ 
cd cairomm-1.15.5 && \ 
./configure && \ 
make && \ 
sudo make install && \ 
sudo cp ./cairommconfig.h /usr/local/include/cairomm-1.16/cairomm/cairommconfig.h 

RUN conda install -y -c conda-forge boost pycairo 
RUN conda install -y -c numba numba=0.36.2 

RUN conda install -y -c libboost py-boost && \ 
conda update -y cffi dbus expat pycairo pandas scipy numpy harfbuzz setuptools boost 

RUN apt-get install -y apt-file dbus libdbus-1-dev && \ 
apt-file update 

RUN apt-get install -y graphviz 
RUN conda install -y -c conda-forge python-graphviz 

RUN sudo apt-get install -y valgrind 

RUN apt-get install -y libcgal-dev libcairomm-1.0 libcairomm-1.0-dev libcairo2-dev python-cairo-dev 

RUN conda install -y -c conda-forge pygobject 
RUN conda install -y -c ostrokach gtk 

RUN cd /tmp && \ 
wget https://git.skewed.de/count0/graph-tool/repository/release-2.26/archive.tar.bz2 && \ 
bunzip2 archive.tar.bz2 && \ 
tar -xf archive.tar && \ 
cd graph-tool-release-2.26-b89e6b4e8c5dba675997d6f245b301292a5f3c59 && \ 
# Fix problematic parts of the graph-tool configure.ac file 
sed -i 's/PKG_INSTALLDIR/#PKG_INSTALLDIR/' ./configure.ac && \ 
sed -i 's/AM_PATH_PYTHON(\[2\.7\])/AM_PATH_PYTHON(\[3\.5\])/' ./configure.ac && \ 
sed -i 's/\${PYTHON}/\/usr\/local\/anaconda3\/bin\/python/' ./configure.ac && \ 
sed -i '$a ACLOCAL_AMFLAGS = -I m4' ./Makefile.am && \ 
sudo ./autogen.sh && \ 
sudo ./configure CPPFLAGS="-I/usr/local/include -I/usr/local/anaconda3/pkgs/pycairo-1.15.4-py35h1b9232e_1/include -I/usr/local/include/cairo -I/usr/local/include/sigc++-3.0 -I/usr/include/freetype2" \ 
    LDFLAGS="-L/usr/local/include -L/usr/local/lib/cairo -L/usr/local/include/sigc++-3.0 -L/usr/include/freetype2" \ 
    PYTHON="/usr/local/anaconda3/bin/python" \ 
    PYTHON_VERSION=3.5 \ 
sudo make && \ 
sudo make install 

Ostrzeżenie: make ing wykres narzędziem może potrwać kilka godzin i wymagają> 7 GB pamięci RAM.

Powiązane problemy